Dataset Previews
First, initialize by adding tools and declare floating type
using GriddingMachine
using PkgUtility
using Plots
using Plots.PlotMeasures
ENV["GKSwstype"]="100";
FT = Float32;
# use this to fix the problem in generated preview.jl file
F1 = joinpath(@__DIR__, "../../Artifacts.toml");
F2 = joinpath(@__DIR__, "../../../Artifacts.toml");
GRIDDINGMACHINE_ARTIFACTS = (isfile(F1) ? F1 : F2);
predownload_artifact.(["GPP_MPI_v006_1X_8D", "GPP_VPM_v20_1X_8D",
"NPP_MODIS_1X_1Y", "canopy_height_20X_1Y",
"clumping_index_12X_1Y", "clumping_index_2X_1Y_PFT",
"land_mask_ERA5_4X_1Y", "leaf_area_index_4X_1M",
"leaf_chlorophyll_2X_7D", "leaf_traits_2X_1Y",
"river_maps_4X_1Y", "SIF_TROPOMI_740_1X_1M",
"surface_data_2X_1Y", "tree_density_12X_1Y"],
GRIDDINGMACHINE_ARTIFACTS);#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
-=#=# # #
-=O#- # # #
0.0%
0.1%
0.4%
1.3%
### 5.0%
########## 14.9%
############## 20.2%
##################### 29.6%
########################## 37.5%
############################### 44.4%
################################### 49.5%
####################################### 54.5%
########################################## 59.2%
############################################# 63.6%
################################################# 68.4%
#################################################### 73.4%
######################################################## 78.5%
############################################################ 83.7%
################################################################ 89.0%
################################################################### 94.3%
####################################################################### 99.6%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
-=#=# # #
0.0%
0.1%
0.3%
1.0%
## 3.9%
####### 9.8%
########### 16.1%
################ 22.8%
##################### 30.0%
########################### 37.8%
################################# 46.2%
####################################### 54.8%
############################################ 61.4%
################################################ 67.9%
##################################################### 74.5%
########################################################## 81.1%
############################################################### 87.9%
#################################################################### 94.7%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
######## 12.4%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
0.4%
# 1.5%
#### 6.2%
############## 19.9%
####################################################### 77.2%
######################################################################## 100.0%
┌ Error: Hash Mismatch!
│ Expected sha256: d883316717c758c69eaca38d413b28a551eefe7d30cdad0acd93cc082359f641
│ Calculated sha256: a260f9f81c616d495040950d8f2178009245582c2431daa05844c91816c7af71
└ @ Pkg.PlatformEngines /buildworker/worker/package_linux64/build/usr/share/julia/stdlib/v1.5/Pkg/src/PlatformEngines.jl:1248
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
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-=O=- # # # #
-=O=- # # # #
-=O=- # # # #
-=O=- # # # #
-=O=- # # # #
-=O=- # # # #
-=O=- # # # #
-=O=- # # # #
######################################################################## 100.0%
0.0%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
1.2%
#### 6.0%
########### 15.5%
###################################### 53.6%
######################################################################## 100.0%
┌ Error: Hash Mismatch!
│ Expected sha256: a6aade7eb54ab16f521b020de46f04c866f44b7c114aaa7e67c0c2f9ea269ded
│ Calculated sha256: c0c3db6ada622a110677b34ccdeb898d939265cc171c9e8d40018e5e936826f7
└ @ Pkg.PlatformEngines /buildworker/worker/package_linux64/build/usr/share/julia/stdlib/v1.5/Pkg/src/PlatformEngines.jl:1248
######################################################################## 100.0%
0.0%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
# 1.8%
######## 12.3%
################### 26.5%
########################################################### 82.4%
######################################################################## 100.0%
┌ Error: Hash Mismatch!
│ Expected sha256: e9a849a731469191f366c5d0fcd21aed8c027824c33da5925b989174accfc9f6
│ Calculated sha256: 75ed9c65f80fd9f840fea6c7c5a85ee88c4d46bb5116d389736944f1d71ff2f3
└ @ Pkg.PlatformEngines /buildworker/worker/package_linux64/build/usr/share/julia/stdlib/v1.5/Pkg/src/PlatformEngines.jl:1248
######################################################################## 100.0%
0.0%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
0.6%
########## 14.8%
############################## 43.0%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
0.1%
1.2%
## 3.2%
######## 11.6%
################################ 44.5%
###################################################################### 98.5%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
0.2%
1.1%
## 2.9%
#### 6.5%
################ 22.4%
##################################################### 74.6%
######################################################################## 100.0%
┌ Error: Hash Mismatch!
│ Expected sha256: 912f3638c440948e14b6aa28a843d3f576da12d838228210f7c2da18eed0123d
│ Calculated sha256: 60fde21883b73ab7132b3c247675c44b18e0f22bbd8e7fb1b9627af8254ed161
└ @ Pkg.PlatformEngines /buildworker/worker/package_linux64/build/usr/share/julia/stdlib/v1.5/Pkg/src/PlatformEngines.jl:1248
######################################################################## 100.0%
0.0%
####################### 32.4%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
1.0%
## 3.9%
########### 16.2%
###################################### 53.3%
######################################################################## 100.0%
┌ Error: Hash Mismatch!
│ Expected sha256: fd45618e762c9763efe8d6e5b976efdd2318473d7d22d84f557480974e9d42b3
│ Calculated sha256: 7b61104c7505b592c5bbb48d64e0bd4b73340f850958d23484b49c39860ae0bc
└ @ Pkg.PlatformEngines /buildworker/worker/package_linux64/build/usr/share/julia/stdlib/v1.5/Pkg/src/PlatformEngines.jl:1248
######################################################################## 100.0%
0.0%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
0.3%
# 1.8%
### 5.4%
############## 20.7%
##################################################### 74.2%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
0.0%
0.5%
# 2.1%
##### 7.7%
#################### 28.9%
######################################### 58.0%
################################################################ 89.4%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
0.0%
0.1%
0.3%
1.0%
## 3.6%
#### 6.7%
###### 9.7%
######## 12.5%
########### 15.4%
############# 18.3%
############### 21.2%
################# 24.3%
################### 27.2%
##################### 30.3%
######################## 33.4%
########################## 36.5%
############################ 39.6%
############################## 42.8%
################################# 46.0%
################################### 49.2%
##################################### 52.4%
######################################## 55.7%
########################################## 59.0%
############################################ 62.4%
############################################### 65.8%
################################################# 69.1%
#################################################### 72.5%
###################################################### 75.9%
######################################################### 79.4%
########################################################### 82.9%
############################################################## 86.4%
################################################################ 89.9%
################################################################### 93.4%
##################################################################### 97.0%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
0.3%
# 1.8%
### 4.6%
############# 18.4%
################################################## 69.5%
######################################################################## 100.0%Then, define a function to plot the dataset
function preview_data(ds::GriddedDataset{FT}, ind::Int)
# preview data
return heatmap(view(ds.data,:,:,ind)',
origin="lower",
aspect_ratio=1,
xticks=[],
yticks=[],
c=:viridis,
size=(700,300),
framestyle=:none)
end
function preview_data(ds::GriddedDataset{FT}, ind::Int, clim::Tuple)
# preview data
return heatmap(view(ds.data,:,:,ind)',
origin="lower",
aspect_ratio=1,
xticks=[],
yticks=[],
c=:viridis,
clim=clim,
size=(700,300),
framestyle=:none)
endpreview_data (generic function with 2 methods)
Leaf level datasets
Leaf chlorophyll content
LCH_LUT = load_LUT(LeafChlorophyll{FT}());
mask_LUT!(LCH_LUT, FT[0,Inf]);
LCH_LUT = regrid_LUT(LCH_LUT, Int(size(LCH_LUT.data,2)/180));
anim = @animate for i ∈ 1:size(LCH_LUT.data,3)
preview_data(LCH_LUT, i, (0,80));
end
gif(anim, fps=5)
Leaf nitrogen content
LNC_LUT = load_LUT(LeafNitrogen{FT}());
mask_LUT!(LNC_LUT, FT[0,Inf]);
LNC_LUT = regrid_LUT(LNC_LUT, Int(size(LNC_LUT.data,2)/180));
preview_data(LNC_LUT, 1)Leaf phosphorus content
LPC_LUT = load_LUT(LeafPhosphorus{FT}());
mask_LUT!(LPC_LUT, FT[0,Inf]);
LPC_LUT = regrid_LUT(LPC_LUT, Int(size(LPC_LUT.data,2)/180));
preview_data(LPC_LUT, 1)Specific leaf area
SLA_LUT = load_LUT(LeafSLA{FT}());
mask_LUT!(SLA_LUT, FT[0,Inf]);
SLA_LUT = regrid_LUT(SLA_LUT, Int(size(SLA_LUT.data,2)/180));
preview_data(SLA_LUT, 1)Vcmax
VCM_LUT = load_LUT(VcmaxOptimalCiCa{FT}());
mask_LUT!(VCM_LUT, FT[0,Inf]);
VCM_LUT = regrid_LUT(VCM_LUT, Int(size(VCM_LUT.data,2)/180));
preview_data(VCM_LUT, 1)Stand level datasets
Canopy height
CHT_LUT = load_LUT(CanopyHeightGLAS{FT}());
mask_LUT!(CHT_LUT, FT[0,Inf]);
CHT_LUT = regrid_LUT(CHT_LUT, Int(size(CHT_LUT.data,2)/180));
preview_data(CHT_LUT, 1)Clumping index
# global clumping index
CLI_LUT = load_LUT(ClumpingIndexMODIS{FT}(), "12X", "1Y");
mask_LUT!(CLI_LUT, FT[0,1]);
CLI_LUT = regrid_LUT(CLI_LUT, Int(size(CLI_LUT.data,2)/180));
preview_data(CLI_LUT, 1, (0.4,1))# global clumping index per PFT
CLI_LUT = load_LUT(ClumpingIndexPFT{FT}());
mask_LUT!(CLI_LUT, FT[0,1]);
CLI_LUT = regrid_LUT(CLI_LUT, Int(size(CLI_LUT.data,2)/180));
anim = @animate for i ∈ 1:size(CLI_LUT.data,3)
preview_data(CLI_LUT, i, (0.4,1));
end
gif(anim, fps=1)
Gross primary productivity
# GPP MPI
anim = @animate for year ∈ 2001:2019, i ∈ 1:46
GPP_LUT = load_LUT(GPPMPIv006{FT}(), year, "1X", "8D");
mask_LUT!(GPP_LUT, FT[-100,Inf]);
preview_data(GPP_LUT, i, (0,10));
end
gif(anim, fps=20)